Modelización de sistemas químicas y diseño de análisis biológicos
GUÍA DOCENTE Curso 2015-16
Titulación: | Máster universitario en Química y Biotecnología | 760M |
Asignatura: | Modelización de sistemas químicas y diseño de análisis biológicos | 5113 |
Materia: | Modelización y Diseño |
Módulo: | Obligatorio |
Modalidad de enseñanza de la titulación: | Presencial |
Carácter: | Obligatoria | Curso: | 1 | Duración: | Semestral |
Créditos ECTS: | 4,00 | Horas presenciales: | 40,00 | Horas estimadas de trabajo autónomo: | 60,00 |
Idiomas en que se imparte la asignatura: | Español |
Idiomas del material de lectura o audiovisual: | Inglés, Español |
Departamentos responsables de la docencia
MATEMÁTICAS Y COMPUTACIÓN | R111 |
Dirección: | C/ Luis de Ulloa, s/n | Código postal: | 26004 |
Localidad: | Logroño | Provincia: | La Rioja |
Teléfono: | 941299452 | Fax: | 941299460 | Correo electrónico: | |
QUÍMICA | R112 |
Dirección: | C/ Madre de Dios, 51 | Código postal: | 26004 |
Localidad: | Logroño | Provincia: | La Rioja |
Teléfono: | 941299620 | Fax: | 941299621 | Correo electrónico: | |
Profesorado previsto
Profesor: | Sampedro Ruiz, Diego | Responsable de la asignatura |
Teléfono: | 941299647 | Correo electrónico: | diego.sampedro@unirioja.es |
Despacho: | 1211 | Edificio: | EDIFICIO CIENTÍFICO TECNOLÓGICO | Tutorías: | Consultar |
Profesor: | Martínez Ruiz, Rodrigo |
Teléfono: | 941299672 | Correo electrónico: | rodrigo.martinez@unirioja.es |
Despacho: | 1103 | Edificio: | EDIFICIO CIENTÍFICO TECNOLÓGICO | Tutorías: | Consultar |
Profesor: | San Juan Díaz, Juan Félix |
Teléfono: | 941299440 | Correo electrónico: | juanfelix.sanjuan@unirioja.es |
Despacho: | 230 | Edificio: | EDIFICIO VIVES | Tutorías: | Consultar |
Descripción de los contenidos
El contenido básico de la materia Modelización y Diseño es:
- Introducción a los sistemas operativos
- Visualización de moléculas y biomoléculas
- Uso y manipulación de la información en los campos de la Química y las Biociencias
- Diseño y análisis experimental en Biociencias: Bioinformática y Bioestadística
Computación aplicada a la Química y las Biociencias
Requisitos previos de conocimientos y competencias para poder cursar con éxito la asignatura
Recomendados para poder superar la asignatura.
Conocimientos generales sobre biología, química, estadística, software para cálculo científico y química computacional.
Asignaturas que proporcionan los conocimientos y competencias:
- Estadística y cálculo
- Química computacional aplicada
- Informática
Contexto
La asignatura Modelización de Sistemas Químicos y Diseño de Análisis Biológicos tiene como objetivo que el alumno conozca y se familiarice con los sistemas operativos más importantes usados en la informática actual, así como que use algunos de los programas informáticos de visualización y manejo de moléculas y su aplicación a las biomoléculas.
Competencias
Competencias generales
CG1 - Capacidad de análisis y síntesis a nivel avanzado en el ámbito de la Química y la Biotecnología.
CG2 - Capacidad de llevar a cabo proyectos de I+D+i relacionados con las materias propias del Máster.
CG3 - Habilidad para dar un uso avanzado a las herramientas de búsqueda de información relevante en el ámbito de la Química y la Biotecnología.
CG4 - Habilidad para comunicarse oralmente a nivel avanzado sobre temas de la Química y la Biotecnología, usando la terminología y técnicas aceptadas por los profesionales del sector.
CG5 - Habilidad para formular por escrito a nivel avanzado temas de la Química y de la Biotecnología usando correctamente diferentes tipos de enfoques académicos relacionados con su campo de estudio.
CG6 - Capacidad de iniciativa y autonomía para las distintas tareas propias de la actividad investigadora en el ámbito de las materias propias del Máster
Competencias específicas
CE2 - Modelar y diseñar de forma avanzada sistemas químicos y biológicos.
Resultados del aprendizaje
Los resultados de aprendizaje de la materia Modelización y Diseño se puede resumir en los siguientes puntos:
- Conocer y manejar los sistemas operativos más importantes usados en la informática actual
- Conocer el uso de los programas informáticos de visualización y manejo de moléculas y su aplicación a las biomoléculas
- Conocer el uso de las bases de datos científicas en el campo de la Química, la Biología y la Biotecnología
- Conocer y manejar los programas informáticos de cálculo científico aplicado a las Biociencias y a la Química
Ser capaz de diseñar experimentos y utilizar los paquetes estadísticos en problemas químicos y de las biociencias.
Temario
Tema 1: Introducción a los sistemas operativos.
Sistemas operativos. Conceptos básicos sobre el sistema operativo Linux: sesión, usuarios, sistemas de ficheros y línea de comandos. Órdenes del sistema y programación de scripts en Linux.
Tema 2: Diseño y análisis experimental en biociencias: bioinformática y bioestadística.
Introducción al lenguaje de programación estadístico R. Programación avanzada y paquetes de R más usuales. Aplicación al análisis estadístico de datos experimentales.
Tema 3: Introducción al modelado molecular.
Métodos de cálculo: MM, QM, QM/MM. Cálculos de estructura, propiedades y reactividad.
Tema 4: Visualización e identificación de sitios activos
Generación de estructuras 3D y búsquedas conformacionales. Docking. Bases de datos de farmacóforos.
Tema 5: Diseño de medicamentos.
QSAR. Modificaciones estructurales de medicamentos. Modificaciones de mecanismos de acción de medicamentos.
Bibliografía
Tipo: | Título |
Básica | Gareth James, Daniela Witten, Trevor Hastie y Robert Tibshirani. An Introduction to Statistical Learning: with Applications in R. Springer Texts in Statistics, 2014. Absys |
Básica | Pons, Nicolás. Linux : principios básicos del uso del sistema. Cornellà de Llobregat (Barcelona) : ENI, cop. 2009 Absys |
Básica | Cramer, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. John Wiley & Sons, 2003 Absys |
Básica | Graham, Patrick, An introduction to medicinal chemistry, 3rd ed. Oxford University Press, 2005. Absys |
Recursos en Internet |
The R Project for Statistical Computing |
Sistema operativo Ubuntu |
Metodología
Modalidades organizativas
Clases teóricas
Seminarios y talleres
Clases prácticas
Estudio y trabajo en grupo
Estudio y trabajo autónomo individual
Métodos de enseñanza
Método expositivo - Lección magistral
Estudio de casos
Resolución de ejercicios y problemas
Aprendizaje basado en problemas
Aprendizaje orientado a proyectos
Aprendizaje cooperativo
Organización
Actividades presenciales | Tamaño de grupo | Horas |
Clases teóricas | Grande | 20,00 |
Seminarios y talleres | Grande | 10,00 |
Clases prácticas | Informática | 10,00 |
Total de horas presenciales | 40,00 |
Trabajo autónomo del estudiante | Horas |
Estudio y trabajo en grupo | - |
Estudio y trabajo autónomo individual | - |
Total de horas de trabajo autónomo | 60,00 |
Evaluación
Sistemas de evaluación | Recuperable | No Recup. |
Pruebas escritas | 40% | |
Técnicas de observación | | 10% |
Informes y memorias de prácticas | | 20% |
Trabajos y proyectos | 30% | |
Total | 100% |
Comentarios
El material didáctico se encontrará disponible en el aula virtual para todos los alumnos matriculados en esta asignatura.
Para los estudiantes a tiempo parcial (reconocidos como tales por la Universidad), las actividades de evaluación no
recuperable podrán ser sustituidas por otras, a especificar en cada caso. Esta posibilidad se habilitará siempre y cuando la
causa que le impida la realización de la actividad de evaluación programada sea la que ha llevado al reconocimiento de la
dedicación a tiempo parcial.
Criterios críticos para superar la asignatura
La nota de la asignatura se obtiene como suma de los diferentes porcentajes, siempre y cuando, el alumno consiga al menos
un 40% del valor estipulado en cada apartado.
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